当前我国商业秘密保护中，有两个问题非常突出：一是正在审议中的《劳动合同法（草案）》第16条规定为保护商业秘密，对劳动者实行竞业限制；二是我国商业秘密刑事保护存在诸多问题。
一、竞业限制问题
1．竞业限制涉及劳动者的重要权利。劳动（雇佣）关系与商事关系不同，雇主与雇员在经济上并非平等（雇主有解雇雇员的权利）。在这一普遍前提下签订的竞业限制合同，很可能会侵犯劳动者的生存权、劳动权、择业自由权以及合法竞争权等重要权利。目前，我国一方面竞业限制运用不足，该运用的没有运用；另一方面竞业限制的法律规定不科学，容易造成滥用。有关调查表明，我国各地司法、执法机关，对竞业限制的形式要件和适用对象,竞业限制的期限、地域、补偿，缺乏统一认识。《劳动合同法（草案）》（以下简称《草案》）第16条的相关规定由于本身存在的问题以及执行中的问题，将会对劳动者合法权益的保护、人才市场的发展以及国民经济和社会的发展，产生不利影响。
2．《草案》第16条存在的问题。第一，未区分重要的商业秘密和一般的保密信息。《草案》第16条对竞业限制的前提条件未作区分。其"用人单位"被知悉的"商业秘密"中，可能存在各种情况，从重大发明到一个客户经理人员的个人嗜好，均可以构成"商业秘密"。商业秘密尤其是经营秘密，广泛存在于各类企业中，暂时、零碎的商业信息，也可以构成商业秘密。从理论上讲，任何企业都有商业秘密存在。以上认识，导致在实践当中，企业为了鸡毛蒜皮性质的商业秘密，滥用竞业限制合同，限制职工的就业自由。在目前《草案》第16条规定的情况下，劳动者不容易维护自己的权益。
第二，将与商业秘密有关的竞业限制，扩张为同类产品或同类业务。《草案》第16条中规定限制的范围是"本单位同类产品或同类业务"，这就偏离了竞业限制保护商业秘密的本来方向。即使出于正当的保护商业秘密需要，为保护商业秘密，而进行竞业限制，也是雇主与劳动者之间的不等价交换。所以美国等发达国家在实践当中要求，竞业限制的领域只能与劳动者在本单位接触的技术、经营秘密有关，其范围小于而绝不能等于本单位同类产品或同类业务。
3．《草案》第16条执行中的必然问题。第一，竞业限制约定，可能蜕化为单方要求、格式合同，甚至规章制度。有关调查表明，几乎一半的机构认为或同时认为，规章制度中的竞业限制也可成立；有1/3的机构认为或同时认为，格式合同中的竞业限制也可成立；有少数机构认为或同时认为，单方要求，也可产生竞业限制。被调查机构的回答，反映了实际情况。《草案》第16条规定的竞业限制"在劳动合同中约定"，在实践中已经被认为是"竞业限制权"，从而使"约定"蜕化为单方要求、格式合同，甚至规章制度。一旦如此，我国就会成为世界上第一个在企业当中无限制、普遍推广这种侵害劳动者权利规定的国家。
第二，将出于保护商业秘密需要的竞业限制，泛滥为禁止一切竞争。在实践中还存在"两个凡是"式的规章制度："凡属于我公司生产、经营范围的，凡是我公司的职工，在离职之后均不得插手经营"。"凡是从事销售的，离职之后不得与本公司客户联系。"这种规定是在借保护商业秘密者之名，行违法限制竞争之实。在实践中，如果司法、执法机关认识模糊，这样的规章制度，也会在保护商业秘密的名义下，得到贯彻执行。
第三，经济补偿条款，得不到严格执行。《草案》第16条规定，进行竞业限制的，在劳动合同终止或者解除时，应当向劳动者支付的竞业限制经济补偿，其数额不得少于劳动者在该用人单位的年工资收入。但是经济补偿，到底是不是"竞业限制约定"的生效、失效条件，《草案》没有规定。在实践当中，出于种种原因，企业对劳动者，在劳动合同终止或解除时，没有支付经济补偿，竞业限制也被认定有效，从而使《草案》第16条经济补偿条款被架空，得不到严格执行。例如，目前比较普遍的做法是，企业将劳动者正常工资收入的一部分，划为竞业限制补偿金，并以此成功地规避了合同解除或终止后支付竞业限制补偿金的义务。
4．商业秘密保护中，应完善竞业限制的相关规定。第一，有关竞业限制的基本规定方式。除了具体规定外，我国法律应当从原则上规定，企业要求竞业限制的，除非满足这样的标准，否则竞业限制合同自始不发生法律效力：（1）雇主、单位有必须用竞业限制保护的合法利益；（2）竞业限制没有给离职职工造成不合理的负担；（3）该竞业限制约定，没有损害社会竞争秩序和公共利益。这也是国外商业秘密保护实践中，成熟的法律原则。
第二，制定司法解释和行政规章。历史上最高人民法院、国家工商局、劳动部、人事部、科技部有关司法解释和行政规章、意见，程度不同地涉及到竞业限制，起到了规范作用。今后应发挥司法解释、行政规章容量大，规定细的优势，及时出台有关规范。
第三，加强对竞业限制合同的司法审查。劳动（雇佣）关系与商事关系不同，雇主与雇员在经济上并非平等，在这一普遍前提下签订的竞业限制合同，可能会侵犯劳动者的重要权利。从这一角度认识，劳动（雇佣）关系中竞业限制合同即使能够成立，也是自由竞争的一种极端例外，只能是劳资关系当中的个别现象，而不能是普遍推行的"权利"。我们应当慎重对待竞业限制合同，契约自由并非原则，必须有事后的司法审查。
二、商业秘密的刑事保护存在的问题
1．对以不正当手段获取商业秘密，刑事制裁不足。为了防止刑事责任的不统一、扩大化，使刑事保护科学化，我国有关刑事法律和司法解释将刑事犯罪构成数额化。公安部、最高人民检察院、最高人民法院有关商业秘密犯罪的两次解释，均将犯罪数额作为民事侵权、刑事犯罪的唯一界限。数额化虽然有统一国内刑法执行标准的目的，但在客观上导致商业秘密的刑事保护，对以不正当手段获取他人商业秘密的犯罪行为，制裁不足。
2．对雇员跳槽引发的案件，刑事制裁过度。对没有明显的不正当手段，而属雇员跳槽引发的案件，我国商业秘密民事侵权、刑事犯罪界限不清，导致主张商业秘密权的人，可以民事侵权行为的构成，追究被指控人的刑事责任，这是目前我国对商业秘密的理解和法律规定本身的一系列缺陷造成的。商业秘密犯罪在实践中与民事纠纷的唯一区分，是结果、数额问题。而数额与被告人利用受害人信息的程度，刑事司法解释没有规定。在实践中，刑事被告人生产的商品，在性质上，被定为侵权产品。即使产品只有部分使用了商业秘密，整体出厂的产品也被规定为侵权产品。
3．商业秘密犯罪，审级低。在民事审判中，知识产权案件由中级以上人民法院管辖。商业秘密犯罪尤其是技术秘密犯罪，一般都涉及比较复杂的技术对比，但根据规定，由基层即县级（城市区级）公安局侦查，县级检察院起诉，县级法院审理。
4．从多方面完善商业秘密的刑事保护。第一，在刑事保护方面，最高人民法院、最高人民检察院、公安部应及时出台关于审理商业秘密犯罪案件适用法律的解释、规定。对以不正当手段获取商业秘密的犯罪行为，加强制裁力度、降低数额限度；对违反权利人的要求或约定的犯罪行为，追究刑事责任的，权利人的保密措施应当严格；杜绝使用民事侵权行为构成，来推定犯罪。
第二，商业秘犯罪应由中级法院进行一审。是否构成商业秘罪，涉及国家的科技人员政策，涉及我国科技、经济发展的活力和竞争力，涉及技术是否合法扩散和人才是否合法流动等敏感、复杂的问题。所以，商业秘密犯罪作为一种技术含量比较高的知识产权犯罪，应当由中级法院负责一审审理。
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