由外商投资企业引起的纠纷，大体上有这样四种：一是由于合同是否有效引起的争议；二是出资方面的争议；三是经营管理中引起的争议；四是解散合营企业及清算方面的争议。

由合同是否有效引起的争议

合同是否有效的争议主要是由这样一些情况引起的：或者是一方当事人在签订外商投资企业合同时尚未取得主体资格；或者是一方当事人在对方不知情的情况下擅自修改合同条款；或者是负有义务将合同上报给审批机关的一方当事人未将合同上报给审批机关，从而引起了合同虽已成立但尚未生效的争议。例如，在安徽省合肥市有这样一家中外合营企业，中方合营者是中国合肥××玩具厂，外方合营者是香港××发展有限公司。合营企业成立后，港方没有按照合同规定的时间出资，故中方合营者提起仲裁，要求港方合营者赔偿因未按时出资而使中方合营者遭受到的损失。港方合营者辩称，这个合营合同本身就是一个无效合同，港方当事人当然不需承担根据这个无效合同而规定的出资义务。理由是这个合同是在当年6月份订立的，而作为合营者一方的中方当事人中国合肥××玩具厂只是在当年的9月份才取得由工商管理部门颁发的作为企业法人的营业执照。所以在当年6月份中港双方订立合同合营时中方尚不具备订立合营合同的主体资格，合同应属无效。

仲裁庭认为，本案的关键是合营合同中的中方合营者在订立合营合同时是否已具备了缔结合同的主体资格。根据我国中外合资经营企业法及有关规定，能够成为中外合营企业中方合营者的必须是中国的公司、企业或其他经济组织，或经特许批准的城乡个体工商户、承包工商业经营的公民以及个人合伙等。本案中，作为该合营企业中的中方合营者――中国合肥××玩具厂，在当年6月份订立合营合同时还不是一个企业法人，尽管中方采取隐瞒和不正当的手段与港方订立了合同并获得了有关审批机关的批准，但该合同从开始就因中方合营者的主体不适当而成为一个无效合同。故仲裁庭认定合同无效，驳回了申请人的仲裁请求。

有关出资方面的争议

有关出资方面的争议，大体上有三类：一类是出资是否到位和到位了多少的争议；一类是由于增资引起的争议；再一类是股权转让引起的争议。其中以资金是否到位和到位了多少最容易引起争议。

由于合营各方当事人的出资可以是现金、土地使用权、工业产权（包括高新技术）以及厂房、机器设备及其他实物，所以在各种不同的出资方式上都可能发生争议，尤其是在一方当事人（多数场合是指外方合营者）以引进设备作为自己的出资时较易引起争议。张家港市有一家合营企业，中外双方共同出资数百万美元委托外方在国外购买一条生产线，该条生产线在合营企业安装投产后，外国合营者凭国外中间商出具的发票作价1000多万美元，中方认为不值那么多，自行聘请当地商检部门进行评估，估价为500多万美元，双方遂对这条生产线中各自的出资额究竟为多少发生争议，经协商不成，外方遂提请仲裁，要求：（1）终止合营合同，解散合营企业；（2）由于中方违约而给合营企业带来损失，要求对外方进行赔偿。

本案是一个案情较复杂的案件。合营企业成立之初，外方在合营企业注册资本中所占比例较小，只有25％，后来通过陆续引进第二、第三条生产线，外方在注册资本中的比重逐渐增大，在引进第三条生产线时，外方的比重由初期的25％增至51％。中外双方对第一、第二条生产线的作价及各自出资额没有异议。问题出在第三条生产线的作价和各方对这条生产线出资的份额上。若作价1000万美元，则中方对这条生产线的出资的比重就会小些，占40％，因为中方对这条生产线的出资额是固定的，即400万美元。外方就占60％。若作价500万美元，则中方就占出资的80％，外方只占20％。所以这条生产线作价多少都会影响中外双方在整个注册资本中所占的百分比。

关于外商的设备投资，其价值如何评定的问题，在1994年5月1日以前，法律规定其价值由合营各方商定或由合营各方都同意的第三者来评定。如果在这方面发生争议怎么解决呢？1994年5月1日以前，法律并未规定明确的解决办法，一般是由审理争议的机构（如法院或仲裁庭）聘请一个独立、公正的第三人（或机构）来进行评估。自1994年5月1日起，我国有关的行政法规规定，作为外商出资方式之一的这类设备，其价值要由国家进出口商品检验局进行价值鉴定，凭商检局出具的鉴定书来进行验资。也就是说，商检局鉴定值多少钱，就认定外商出了多少钱。就本案而言，因中外双方对引进的第三条生产线的价值存在争议，仲裁庭决定以仲裁庭的名义聘请国家商检总局对它进行价值鉴定。鉴定的结果是：该条生产线重置成本的价值高于地方商检部门鉴定的价值，但低于外方主张的中间商发票所报的价值。最后，双方通过协商，由外方收购中方在合营企业中的全部股权以及中方合营者的母体一一张家港××厂的全部资产，把一个合营企业连同中方的老厂变为一个颇具规模的外商独资企业而告终。